En la época prehistórica, (II Milenio A.C.), ya contaba con asentamientos de pobladores a lo largo de la Ribera del Barranco de las Juntas y que se ha identificado con los nombres de “Casa Canuto”, “La Junta”, “Los Burgos” y “La casa de la Balsa”.
En el siglo VIII, los Bereberes dirigidos por la Reina Al Kahina, llegaron del sur de España y se instalaron en esta tierra, atribuyéndosele a ellos el nombre del Municipio, debido a la gran producción de higos que existía lo llamaron “Valle Picus”, de donde derivó Velefique. A mediados del siglo X, se refugió en Velefique un grupo de Jarichíes (secta musulmana que practicaba el sufismo), que huían del Califato de Córdoba, arraigando dicha doctrina entre los musulmanes de Velefique.
En 1158, nació en Velefique, Sidi Abu Isaac Ibrahim ibn al Havy, gran santón venerado por los musulmanes almerienses como sufí al que se le atribuyen diversos milagros, la construcción de la fortaleza de Velefique y la de 18 aljibes y 20 mezquitas en otris pueblos de la sierra.
Murió en Marruecos y en el lugar donde está enterrado, se ha levantado una mezquita llamada Sidi Isaac, resistiendo más de tres meses consecutivos el asedio de las tropas. Murió despeñado por orden de d.Diego Fernández de Córdoba.
En 1569, el rey negro de Velefique, encabezó la sublevación de los moriscos en este municipio
A partir de la expulsión de los moriscos, Velefique quedó desierta, siendo repoblada en el año 1578 con 33 familias, provenientes en su mayoría de Navarra y de Cehegín (Murcia), de las que solo quedaron 28 en años sucesivos entre las que se encontraba un sacristán. Entre todas ellas se repartieron las viviendas existentes y las suertes de Tierra; configurándose de esta forma la población actual del municipio